Il nostro gruppo può ospitare studenti e ricercatori di altre sedi e altri Paesi per svolgere lavori in collaborazione.

Le collaborazioni si svolgono sulle tematiche di ricerca riportate nella pagina 'cosa facciamo'.

Ospitiamo studenti che vogliano svolgere una tesi di Laurea nei seguenti argomenti:

1) Studio e realizzazione di biosensori. Oggi è possibile sfruttare le proprietà di alcune molecole biologiche di legare selettivamente determinati composti chimici. Tali molecole vengono legate alle superfici di sensori elettronici in modo da renderli responsivi ai composti di interesse, quali ad esempio inquinanti ambientali, farmaci, ormoni...
Questo genere di sensori è caratterizzato da un'elevata sensibilità, una buona selettività, risposta in tempo reale, misurazione in continuo.
Nel lavoro che si propone, verranno costruiti alcuni biosensori di tipo piezoelettrico, verranno valutati la sensibilità e la specificità verso le molecole di interesse, il tempo di vita, la resistenza ai solventi organici e a diversi pH.

Piezoelectric biosensors are devices able to monitor affinity reactions such as antigen antibody without the use of any label reagent. They are connected to a personal computer and work in liquid. A crucial point working with biosensor is the immobilisation of the probe molecules in the transducer: a thin gold surface of a quartz crystal. The biological recognition element (antibody, DNA, RNA, peptide) interacting with the analyte is coupled the transducer, the core component of the system. Such biomolecules make this electronic biosensor responsive to chemicals such as environmental pollutants, drugs, hormones, proteins…

Advantages are:

• good selectivity and sensitivity (nanograms)
• no request of labels (radioisotopes, enzymes, fluorophores…)
• real time and continuous response
• possibility to work with dirty matrix (raw extract) due to low non-specific binding

Weak points are:

• the immobilisation procedure of the the gold surfaces requires a good manual character therefore a laboratory with skilled researchers should provide the functionalized gold surfaces. We are able to provide such functionalized surfaces
• the no perfect reproducibility in the immobilisation procedure obliges to be calibrate singly each crystal before use
• a functionalized surface is good for seven or eight measurements at best
• the work temperature affects the measures

During this thesis piezoelectric biosensors will be build, their sensibility and specificity, life time, resistance to organic solvents and different pH conditions will be assess.

Quarzo

Quarzo

Software per la misura delle variazioni di frequenza

2) Le mutazioni genetiche che cadono nelle giunzioni tra esoni ed introni possono causare alterazioni al processo di splicing. Recentemente si è scoperto che anche le mutazioni all’interno degli esoni e all’interno degli introni possono causare difetti di splicing poiché possono creare o distruggere sequenze regolative. I difetti di splicing sono generalmente gravi perché portano al cambiamento, all’eliminazione o all’inclusione di molte decine o centinaia di basi nel trascritto maturo. Si propone di mettere a punto un saggio di splicing per verificare in vivo l’effetto delle mutazioni geniche. Le sequenze geniche normali e mutate saranno inserite in vettori plasmidici, trasfettate in cellule umane in coltura dove saranno trascritte e sottoposte a splicing, l’mRNA recuperato sarà retrotrascritto e analizzato per verificare eventuali alterazioni nello schema di splicing. Il lavoro è in collaborazione con l’unità di genetica umana dell’Università di Southampton, UK.

Gene mutations lying on exon-intron junctions can alter the RNA splicing process. Recently it was discovered that also mutations lying deep within exons or introns can alter the splicing process by destroying or creating target sequences for the proteins, thereby changing the complex of proteins bound to the pre-mRNA. Generally, splicing defects are serious because they change, delete or add tens or hundreds of nucleotides to mature transcript. We would like to set up an in vivo splicing assay to check the gene mutations effects. The normal and mutated sequences will be inserted into plasmid vectors, transfected into human cells coltures to be spliced, the mRNA will be retrotranscribed and analyzed to assess possible splicing pattern alterations. The work is in collaboration with the Human Genetics Division of the University of Southampton, UK.

3) I polimorfismi genetici possono avere un importante ruolo nella predisposizione alle patologie, essere correlati con la prognosi, con l’efficacia dei farmaci e dei loro effetti collaterali. In ambito psichiatrico sono state evidenziate forti associazioni tra alcuni polimorfismi e malattie quali la schizofrenia, la depressione maggiore e il disturbo bipolare, inoltre ci sono associazioni con l’efficacia di farmaci antipsicotici e antidepressivi. Nell’ambito di una collaborazione in corso con la clinica Psichiatrica dell’ospedale regionale di Ancona, stiamo eseguendo uno studio di associazione su pazienti volontari per valutare l’efficacia di un farmaco antipsicotico (Olanzapina) e i suoi effetti collaterali. Il lavoro di tesi consiste nella determinazione e nello studio di alcuni polimorfismi genetici legati ai geni che codificano per il trasportatore e i recettori della serotonina.

Gene polymorphisms are important for predisposition to pathology, they are related to the prognosis, drug efficacy and side effects. In psychiatry there are strong associations with schizophrenia, major depression and bipolar disorder, moreover other associations are with antipsychotic and antidepressant efficacy. An association study on volunteer patients in collaboration with the Unit of Psychiatry of the Ancona Hospital is in progress to assess the efficacy of a drug (Olanzapine) and its side effects. The student will determine and study polymorphisms related to serotonine transporter and receptors genes.

4) Le sequenze del virus dell’influenza H5N1 sono sottoposte a splicing da parte della cellula ospite.
La tesi, sperimentale da svolgersi al computer, ha per obiettivo lo studio dello splicing dei geni del virus, ai fini di predire l’effetto delle mutazioni virali sullo splicing.

Genes of influenza H5N1 virus are spliced by the host cells.
The aim of the thesis, experimental and to develop with the aid of the computer, is to study the splicing of virus genes to predict the effect of nucleotide mutations on splicing products.

H5N1 (www.cytokinestorm.com)

(http://indonesiahaveanews.blogspot.com/2007/08/indonesian-woman-and-her-daughter-dies.html)

5) A seguito dello splicing del pre-mRNA dei geni degli organismi eucarioti, si creano nuovi motivi che vengono riconosciuti da proteine responsabili dell’esporto dell’mRNA dal nucleo.
La tesi, sperimentale da svolgersi al computer, consisterà nell’estrazione e nell’analisi di tali sequenze per provare a predire l’efficienza di esporto dell’mRNA.

The splicing process of the pre-mRNA of eukariotic genes, new nucleotide motifs are created and bound by nuclear export proteins.
The aim of the thesis, experimental and to develop with the aid of the computer,is to find and analize such motifs to predict mRNA export efficiency.

6) Analisi di un metodo migliorato di misura della velocotà di eritrosedimentazione del sangue con il quale si estraggono nuove informazioni.
L’obiettivo della tesi, sperimentale da svolgersi in laboratorio, è di testare tale nuovo metodo e correlare tali nuove informazioni ai diversi stati patologici dei pazienti.

Analysis of an improved method of measure the blood eritro-sedimentation rate and obtain additional information.
The aim of the thesis, experimental and to develop in laboratory, is to test such new method and link the additional information to the pathologic state of the patients.